Kể từ khi cuộc biến loạn nổ ra, Rhaegar vẫn chưa hề tham gia vào cuộc chiến. Anh dành toàn bộ thời gian bên Lyanna tại một ngọn tháp bên rìa bắc dãy núi đỏ xứ Dorne. Rhaegar đặt tên cho ngọn tháp ấy là Tháp Niềm Vui (Tower of Joy). Sau trận Chuông Gióng ở Thánh Đường Đá, Aerys phái tướng thủ lĩnh đội Vệ Vương, Ser Gerold Hightower Bò Trắng đi tìm và thuyết phục anh trở về Bến Vua. Rốt cuộc, Rhaegar đồng ý quay về, nhưng giao nhiệm vụ cho Ser Gerold ở lại canh chừng Lyanna.
Trận Trident
Sau trận Thánh Đường Đá, phe nổi dậy đã tập hợp đủ binh lính bên bờ đông nhánh sông Green Fork. Với quân lực hợp nhất của bốn đại gia tộc Baratheon, Stark, Tully và Arryn, thế lực của họ đã đủ lớn mạnh để đe dọa Bến Vua. Từ Green Fork, đội quân nổi dậy gồm 35.000 lính thiện chiến, dẫn đầu bởi Robert Baratheon hành quân theo Vương Lộ (King's Road) tới nơi giao nhau của ba nhánh sông Trident.
Vào thời điểm đó, thái tử Rhaegar đã trở về Bến Vua để tiếp quản quyền chỉ huy quân đội phe bảo hoàng. Vua Aerys, sau khi đe dọa nhà Martell rằng công chúa Elia đang ở trong tay ông ta, đã phế truất chú của cô, Hoàng tử Lewyn Martell khỏi đội Vệ Vương nhằm giành lấy quyền kiểm soát 10.000 lính xứ Dorne, buộc họ phải gia nhập lực lượng của Rhaegar.
Cùng lúc đó, hai thành viên đội Vệ Vương là Ser Barristan Selmy và Ser Jonothor Darry được phái đi thu thập tàn quân từ trận thua của Jon Connington cũng đã trở lại sau nhiệm vụ, và tham gia cùng với Rhaegar. Một bộ phận lính vũ trang của các lãnh chúa vùng Reach là Mace Tyrell và Paxter Redwyne, khi đó đang vây hãm thành Storm's End cũng được Aerys cho vời tới kinh đô. Rhaegar còn khuyên cha mình tìm đến lãnh chúa Tywin Lannister nhờ hỗ trợ, nhưng thành Casterly Rock vẫn im hơi lặng tiếng. Cuối cùng, đội quân bảo hoàng gồm 40.000 lính, dưới sự chỉ huy của Rhaegar khởi hành từ Bên Vua, theo đường Vương Lộ hành quân tới vùng sông Trident để nghênh chiến với quân nổi loạn của Robert.
Diễn ra tại một nút sông cạn thuộc nhánh Green Fork, trận Trident được xem như trận đánh then chốt, mang ý nghĩa quyết định đối với toàn bộ cuộc chiến. Khi cuộc chạm trán bắt đầu, phiến quân xứ Dorne, dẫn đầu bởi Hoàng tử Lewyn Martell đe dọa cánh trái đội quân của Robert. Ser Lyn Corbray, một hiệp sĩ dưới trướng Hoster Tully lãnh nhiệm vụ đánh tan đội quân này. Mang thanh kiếm của người cha thương tật trên tay, Ser Lyn lãnh đạo đợt tấn công thắng lợi và mở đường tới Hoàng tử Lewyn, lúc này đã bị thương và dễ dàng ngã gục dưới tay vị hiệp sĩ. Jason Mallister, một lãnh chúa vùng Riverlands khác cũng lập công kết liễu ba kẻ cầm cờ hiệu của Rhaegar trong khi tìm cách trả thù cho người anh trai Jeffory. Ở phía quân bảo hoàng, Ser Barristan Selmy chiến đấu anh dũng và hạ gục hàng loạt kẻ thù.
Trong trận đánh ngày hôm đó, rất nhiều hiệp sĩ và lãnh chúa hoặc đã mất mạng, hoặc trở nên nổi danh lừng lẫy, tuy nhiên chính cuộc đấu tay đôi giữa chỉ huy hai phe là Robert Baratheon và thái tử Rhaegar mới là thứ trở thành huyền thoại.
Cả hai đụng độ nhau giữa dòng nước và liên tục ra những đòn hiểm hóc. Cuối cùng, Rhaegar, dù gây được thương tích không nhỏ cho Robert, đã ngã gục dưới một nhát búa chí mạng, mạnh đến mức đập vỡ vụn hình rồng ba đầu bằng hồng ngọc khảm trên giáp ngực của anh. Rhaegar khụy gối xuống dòng nước, trên môi anh thì thầm tên Lyanna trước khi trút hơi thở cuối cùng. Quân lính cả hai bên thi nhau đổ xô tới quanh xác Rhaegar để sục sạo những mảnh hồng ngọc vỡ. Không còn chỉ huy, quân bảo hoàng vỡ trận và cuống cuồng rút chạy. Trận đánh kết thúc với chiến thắng thuộc về phe nổi dậy. Về sau này, khúc sông nơi Robert và Rhaegar đụng độ nhau được đổi tên thành Khúc Hồng Ngọc (Ruby Ford).
Hai trong số ba hiệp sĩ Vệ Vương tham gia trận đánh: hoàng tử Lewyn Martell và Ser Jonothor Darry đã tử trận ngày hôm đó. Người duy nhất còn sống, Ser Barristan Selmy thì bị thương nặng. Bản thân tướng chỉ huy quân nổi dậy, lãnh chúa Robert Baratheon cũng chịu thương tích nặng nề, buộc anh phải giao lại quyền chỉ huy cho bạn mình, lãnh chúa Ned Stark thành Winterfell.
Dù phần lớn quân đội hoàng gia Targaryen đã bại trận tại Trident, vẫn còn nhiều ngàn lính trấn giữ Bến Vua. Giờ đây khi cục diện cuộc chiến đã ngã ngũ, nhà Frey vùng Crossing bắt đầu tham chiến và gia nhập quân nổi dậy. Sự hưởng ứng chậm trễ này của Walder Frey khiến lãnh chúa Hoster Tully gọi ông ta là "lãnh chúa Frey quá cố" ("the late Lord Frey") kể từ đó.