Tiếp nối phần phim đầu tiên, NHÍM SONIC 2 kể về câu chuyện khi Sonic đã ổn định cuộc sống mới cùng vợ chồng Tom và Maddie ở Green Hills. Trong một lần cặp đôi quyết định đi du lịch để Sonic ở lại trông nhà và tận hưởng khoảng thời gian tự do riêng, tên tiến sĩ tàn ác Robotnik đã bất ngờ quay trở lại từ hành tinh ngoài vũ trụ – nơi ông ta bị trục xuất ở phần đầu tiên. Lần này, hắn ta không đi một mình mà đi cùng với một đối tác mới, nhằm thu thập một viên ngọc lục bảo có sức mạnh vô hạn với ý đồ phá hủy thế giới con người. Và Sonic cùng người đồng đội mới buộc phải nhanh chóng tìm ra và bảo vệ viên ngọc trước khi nó rơi vào tay kẻ xấu.