Bộ phim sẽ đưa người xem đến với thế giới phép thuật đầy màu sắc, nơi cậu bé Kubo (Art Parkinson) thông minh, hiền lành vô tình triệu hồi một hồn ma bí ẩn mang trong mình món nợ máu có từ ngàn xưa. Trên đường trốn chạy, Kubo tình cờ gặp gỡ hai nhân vật đáng yêu là Khỉ (Charlize Theron) và Bọ (Matthew McConaughey). Những người bạn đồng hành này trợ giúp cậu bé vô cùng đắc lực, đồng thời làm Kubo nhận ra sứ mệnh mình đang phải gánh vác. Từ đó, hành trình giải cứu gia đình và khám phá bí ẩn về người cha đã khuất, vốn là chiến binh samurai vĩ đại nhất, bắt đầu.